خلّف الإمام الخوئي (قده) تركة غنية وأبحاثاً قيّمة كثيرة في حقلي الفقه والأصول على وجه التحديد، وهي عبارة عن تقريرات الدروس التي كان يلقيها خلال مدة تزيد على الستين عاماً، على عدد كبير من أفاضل العلماء وأساتذة الحوزة العلمية الدينية في النجف الأشرف، من المجتهدين ذوي الاختصاص في الدراسات الدينية العليا، المعروفة بـ "البحث الخارج" (فقد ابتدأ رضوان الله تعالى عليه، بتدريس بحث الخارج سنة ١٣٥٢ الى ١٤١٠هـ، من دون انقطاع) وقد قررت ودوّنت نظرياته الجديدة، وآرائه العلمية القيّمة تلك، في تقريرات كثير من السادة والمشايخ العلماء من تلامذته الأفاضل، والتي تعتبر اليوم من أمهات المصادر الفقهية والأصولية الحديثة للباحثين والعلماء، مما لا يستغني منها الأساتذة والطلاب معاً، وعليها يدور رحى البحوث والدروس في هذين الحقلين في جميع الحوزات الدينية المعروفة.

ومن تلك البحوث التي عُرضت على سماحته وأجاز طبعها هي:
١ ـ التنقيح في شرح العروة الوثقى، تقرير الشيخ ميرزا علي الغروي، عشرة أجزاء (فقه).
٢ ـ تحرير العروة الوثقى، تقرير الشيخ قربانعلي الكابلي (قده)، جزء واحد (فقه).
٣ ـ دروس في فقه الشيعة، تقرير السيد محمد مهدي الخلخالي، خمسة أجزاء (فقه).
٤ ـ محاضرات في اصول الفقه، تقرير الشيخ محمد اسحاق الفياض، خمسة أجزاء (اصول).
٥ ـ المستند في شرح العروة الوثقى، تقرير الشيخ مرتضى البروجردي (قده)، عشرة أجزاء (فقه).
٦ ـ الدرر الغوالي في فروع العلم الاجمالي، تقرير الشيخ رضا اللطفي، جزء واحد (اصول).
٧ ـ مباني الاستنباط، تقرير السيد ابو القاسم الكوكبي (قده)، أربعة أجزاء (اصول).
٨ ـ مصباح الفقاهة، تقرير الشيخ محمد علي التوحيدي (قده)، ثلاثة أجزاء (فقه).
٩ ـ مصابيح الاصول، تقرير السيد علاء الدين بحر العلوم، جزء واحد (اصول).
١٠ ـ المعتمد في شرح المناسك، تقرير السيد محمد رضا الخلخالي، خمسة أجزاء (فقه).
١١ ـ مصباح الاصول، تقرير السيد محمد سرور البهسودي (قده)، جزءان (اصول).
١٢ ـ مباني العروة الوثقى، تقرير الشهيد السيد محمد تقي الخوئي (قده)، أربعة أجزاء(فقه).
١٣ ـ دراسات في الاصول العملية، تقرير السيد علي الحسيني الشاهرودي (قده)، جزء واحد (اصول).
١٤ ـ فقه العترة في زكاة الفطرة، تقرير الشهيد السيد محمد تقي الجلالي (قده)، جزء واحد (فقه).
١٥ ـ الرأي السديد في الاجتهاد والتقليد، تقرير الشيخ غلام رضا عرفانيان (قده)، جزء واحد (فقه).
١٦ ـ محاضرات في الفقه الجعفري، السيد علي الحسيني الشاهرودي (قده)، ثلاثة أجزاء (فقه).
١٧ ـ جواهر الاصول، تقرير الشيخ فخر الدين الزنجاني، جزء واحد (اصول).
١٨ ـ الأمر بين الأمرين، في مسألة الجبر والاختيار، تقرير الشيخ محمد تقي الجعفري، جزء واحد (اصول).
١٩ ـ الرضاع، تقرير السيد محمد مهدي الخلخالي والشيخ محمد تقي الايرواني، جزء واحد (فقه).