لقد تتلمذ بين يدي سماحته الآلاف من التلامذة وبينهم المئات من الأفاضل والعشرات من المجتهدين، من العلماء المنتشرين في المراكز والحوزات العلمية الدينية الشيعية في أنحاء العالم، والذين يعدون من أبرز المجتهدين من بعده، ونحن في هذا السياق لم يكتمل لدينا ملف طلابه، لا سيما وأنهم كثر وفيهم من توفاه الله وفيهم من هو على قيد الحياة لذلك نضع كوكبة من أهم المجتهدين الذين تخرجوا على مدرسة الإمام الخوئي قدس سره الشريف:
١ ـ آية الله السيد علي البهشتي - العراق.
٢ ـ آية الله السيد علي السيستاني - العراق.
٣ ـ آية الله الشيخ ميرزا علي الفلسفي - ايران.
٤ ـ آية الله الشيخ ميرزا جواد التبريزي - ايران.
٥ ـ آية الله السيد محمد رضا الخلخالي - العراق.
٦ ـ آية الله الشيخ محمد اسحاق الفياض - العراق.
٧ ـ آية الله الشيخ ميرزا علي الغروي - العراق.
٨ ـ آية الله الشيخ محمد آصف المحسني - افغانستان.
٩ ـ آية الله السيد علي السيد حسين مكي - سوريا.
١٠ ـ آية الله السيد تقي السيد حسين القمي - ايران.
١١ ـ آية الله الشيخ حسين وحيد الخراساني - ايران.
١٢ ـ آية الله السيد محمد حسين فضل الله - لبنان.
١٣ ـ آية الله السيد علاء الدين بحر العلوم - العراق.
١٤ ـ آية الله السيد محمد الروحاني - ايران.
١٥ ـ آية الله الشيخ ميرزا يوسف الايرواني - ايران.
١٦ ـ آية الله السيد محي الدين الغريفي - البحرين.
١٧ ـ آية الله السيد عبد الصاحب الحكيم - العراق.
١٨ ـ آية الله السيد محمد باقر الصدر - العراق.
وغيرهم كثير من السادة العلماء والمشايخ كبار وأفاضل الأساتذة، ممن تتلمذ على الامام مباشرة أو على تلامذته في جميع الحوزات العلمية الدينية المعروفة.